14歳のシンジ少年が汎用ヒト型決戦兵器・人造人間エヴァンゲリオンに乗って正体不明の敵性存在「使徒」と戦い始める契機と、 自分の暮らし、友人、街など身近なものを認識する過程が、丁寧なタッチで再び語られ、1本の映画として再構成されている。 クライマックスは、国家規模のオペレーションを描いた「ヤシマ作戦」。 日本中の電力を箱根の一点に集め、シンジのEVA初号機が狙う陽電子砲の起動エネルギーとする大プロジェクトだ。自在に変形と攻撃を繰り返し、ネルフ本部へ侵入しようとする使徒。 人類すべての運命が自分の双肩にかかったとき、シンジの心中に芽生えたものは・・・。