カイドウを倒し、四皇となったルフィが仲間たちとともに上陸したのは、未来島〝エッグヘッド〟。歴史の解明を試みたことで、命を狙われる事となった天才科学者Dr.ベガパンクにこの島からの脱出を頼まれたルフィだが、暗殺指令を受けたCP0も上陸。
さらにベガパンクによって開発された〝最強の人類〟セラフィム達の指揮権争奪戦、海軍大将黄猿と五老星が襲来！ ルフィたちはベガパンクとともにエッグヘッドを脱出できるのか？そして自我を失い〝生物兵器〟となってしまった父くまと対面したボニーは、父を取り戻すことができるのか？