物語は、黒ずくめの組織の薬で“江戸川コナン”になる少し前――。高校生探偵・工藤新一は、幼なじみの毛利蘭と米花水族館を訪れていた。目的は、別居中の蘭の両親・毛利小五郎と妃英理を仲直りさせるための作戦「水族館ドッキリ再会ラブラブ復活大作戦」の下見。しかし、楽しい時間は一瞬で終わりを告げる。人だかりの先に漂う異様な空気に、新一は殺人事件を察知し、蘭に係員を呼ぶよう指示する。叫び声も聞こえなかったのに、なぜ事件に気づいたのか尋ねる蘭に、新一は「匂いだよ」と答え……。血の匂いを嗅ぎつけて現場へ赴き、持てる感覚のすべてを使って犯人を割り出す、緋色の高校生探偵の推理劇が始まる！そして、事件の先には、あの日へと繋がる“もう一つの下見”が……！？